Xã Mỹ Tân là xã vùng sâu nằm ở phía bắc dọc theo Quốc lộ 1A của huyện Cái Bè, gần tiếp giáp với các xã của vùng Đồng Tháp Mười. Ranh giới hành chính của xã được xác định như sau:

- Phía Đông giáp xã Thiện Trung và Mỹ Đức Đông.

- Phía Tây giáp xã Mỹ Lợi B.

- Phía Nam giáp xã Mỹ Đức Tây và xã Mỹ Lợi A.

- Phía Bắc giáp xã Mỹ Trung.

Được thành lập ngày 23/11/1990, theo Quyết định số 521/TCCP của Ban Tổ chức-Cán bộ của Chính phủ, trên cơ sở tách diện tích và nhân khẩu của xã Mỹ Trung, Mỹ Lợi B, Mỹ Đức Tây và nông trường Ngô Văn Nhạc.